V České republice funguje přibližně 1 500 až 1 700 malých vodních elektráren (MVE). Za malé vodní elektrárny se v evropské legislativě obvykle považují zdroje do výkonu 10 MW. Souhrnný instalovaný výkon českých MVE se pohybuje kolem 350–400 MW a roční výroba představuje přibližně 1–1,5 % domácí spotřeby elektřiny.
Nejvíce malých vodních elektráren vznikalo už na přelomu 19. a 20. století. Mnohé byly po druhé světové válce zrušeny, ale po roce 1990 začala jejich obnova. Dnes se většina nových projektů nesoustředí na stavbu velkých přehrad, ale na modernizaci starých jezů, mlýnů a historických energetických lokalit.
Význam malých vodních elektráren nespočívá pouze ve výrobě elektřiny. Jde o velmi stabilní obnovitelný zdroj, který na rozdíl od solárních a větrných elektráren dokáže vyrábět energii relativně předvídatelně a často i nepřetržitě. MVE navíc pomáhají stabilizovat regionální distribuční síť a snižují závislost na fosilních palivech.
Rozvoj tohoto sektoru je však v České republice omezený. Většina vhodných lokalit už byla využita a nové projekty často narážejí na ekologické požadavky, ochranu říčních ekosystémů nebo komplikované povolovací procesy. Budoucnost proto spočívá hlavně v modernizaci existujících zařízení — účinnější turbíny dnes dokážou vyrobit více elektřiny při stejném průtoku vody.
Z pohledu „absolutně zelené“ výroby energie mají malé vodní elektrárny mimořádný význam. Neprodukují emise CO₂ během provozu, nepotřebují dovážené palivo a mají velmi dlouhou životnost — často přesahující 50 let. Současně ale platí, že ani vodní energetika není úplně bez dopadů na přírodu. Moderní projekty proto musí kombinovat výrobu čisté energie s ochranou ryb, zachováním průtoku vody a citlivým přístupem ke krajině.
Malé vodní elektrárny tak představují jeden z nejstabilnějších a technicky nejvyspělejších obnovitelných zdrojů, které může Česká republika dále rozvíjet bez dramatických zásahů do krajiny.